В 2011 году 450 объектов железнодорожного транспорта, находящихся в зоне ответственности Октябрьской магистрали, взято под охрану.
Для организации физической защиты этих объектов дорогой были заключены договоры с филиалом Федерального государственного предприятия «Ведомственная охрана железнодорожного транспорта РФ», десятью частными охранными организациями и отрядом ведомственной охраны. На эти цели выделено свыше 1,3 млрд рублей.
Особое внимание уделяется охране скоростных участков движения Санкт-Петербург – Москва и Санкт-Петербург – Бусловская. Ежесуточно охрану инфраструктурных объектов участков осуществляют более 400 сотрудников внутренних дел, ведомственной охраны филиала ФГП ВО ЖДТ РФ и частных охранных предприятий (ЧОП). Расходы на охрану составляют около 500 млн рублей.